Les organes de direction de la société commune franco-allemande ont une composition paritaire. Les réflexions y sont toujours menées en commun.
Sanastera dispose d'un système de gouvernance dual avec un Directoire et un Conseil de surveillance. Le Directoire est composé de 4 membres, 2 allemands et 2 français. Le Conseil de surveillance est composé de 7 membres, 3 pharmaciens allemands, 3 pharmaciens français et 1 expert-comptable italien comme l'exige le droit italien.